De plaats waar Bathmen nu ligt, heeft een lange geschiedenis. Oude archeologische vondsten, o.a. op de Bergakker en de Bathmense Enk, dateren van 6000 jaar voor Chr. Door de hoge ligging in de drassige IJsseldelta bestaat het vermoeden dat Bathmen zeker vanaf 1300 jaar voor Christus permanent bewoond is geweest.
De kenmerkende enken in het Bathmense landschap zijn ontstaan in de achtste eeuw na Christus door het gebruik van potstallen. Van oudsher is Bathmen een agrarisch dorp. In de veertiende eeuw werd het beekje Hunnepe bevaarbaar gemaakt, zodat landbouwproducten eenvoudiger naar Deventer vervoerd konden worden. In die tijd is de tegenwoordige naam Schipbeek ontstaan.
De naam Bathmen zou zijn afgeleid van ‘Bodeman’ of ‘Bademan’, de boodschapper van het gezag (koninklijk of kerkelijk). Zo iemand kreeg een plek voor zichzelf, waar hij bijvoorbeeld een boerderij kon stichten. In 1096 werd Bathmen door koning Henricus III geschonken aan de 20-ste bisschop. Later in 1385 werd er een vergadering van Schouten belegd door de Bisschop van Utrecht. Bij deze vergadering was ook een vertegenwoordiger van Bathmen aanwezig. In welke persoon en in welke functie is niet duidelijk. Bathmen gaat dus al heel wat jaartjes mee.
In 1795 is het gemeentenstelsel zoals we dat nu nog kennen ingevoerd. In 1811 werd zo de gemeente Bathmen naar Frans model gevormd. De eerste raadsvergadering vond plaats op 18 maart 1811 en de laatste raadsvergadering vond plaats op 23 december 2004. Per 1 januari 2005 is de gemeente Bathmen geen zelfstandige gemeente meer, maar valt nu onder de gemeente Deventer.
Van de geschiedenis van de gemeente Bathmen is een boek genaamd 'Aldus besloten, Gemeente Bathmen, 18-03-1811/01-01-2005' uitgebracht. Dit boek is verkrijgbaar in de bibliotheek/VVV-folderpost aan de Schoolstraat 13 te Bathmen. Het boek kost € 5,00.
| 
